La formation au sein de l’Institut est dispensée sous forme de formation de base. La durée de la formation et le régime des études et des examens sont fixés par arrêté de l’autorité gouvernementale chargée des Habous et des affaires islamiques.
La durée de la formation de base pour les étudiants marocains à l’Institut Mohammed VI de Formation des Imams Morchidines et Morchidates est estimée à 12 mois, distribuée en deux semestres. Durant cette période, les candidats reçoivent une formation intensive et solide pour acquérir des compétences de prêches et de la communication.
Quant aux étudiants étrangers, leur période de formation est plus longue:
La formation des candidats étrangers provenant des pays africains est d’une durée de deux ans et ceux provenant de France est de deux à trois ans. Durant la troisième année les candidats reçoivent des cours intensifs en langue arabe.